Sebastian Multerer absolvierte sein Studium der Architektur an der TU München. Für seine Diplomarbeit "Münchner Freiheit Leopoldstraße" wurde er mit dem Hans Döllgast Preis und dem Johannes B. Ortner Preis der TUM ausgezeichnet.
Von 2007 bis 2010 war er Mitarbeiter und Projektleiter bei Wolfgang Brune Architekten sowie nbundm* Architekten. Zeitgleich begann Multerer 2007 eine Assistenzstelle am Department Architektur der TUM bei Prof. Ueli Zbinden, ab 2010 folgte die wissenschaftliche Mitarbeit bei Prof. Dietrich Fink. Dort war er acht Jahre lang in der Lehre tätig, setzte sich aber auch mit architekturtheoretischen Themen auseinander. Gemeinsam mit Julian Wagner publizierte er 2018 die Monographie "Wohnungsbauten von Otho Orlando Kurz". Seither war er an mehreren Architekturfakultäten als Kritiker und Vortragender zu Gast.
Vor eigener Bürogründung hatte Sebastian Multerer eine Partnerschaft mit Florian Fischer (2010-2016). Für ihren "katalog an bildern und grundrissen" erhielten sie 2010 den Weißenhof Architekturförderpreis.
2016 war Multerer Stipendiat der Deutschen Akademie Rom Villa Massimo sowie der Dr. Marschall Stiftung. Im gleichen Jahr folgte die eigene Bürogründung von Multerer Architekten.
Am Lehrstuhl für Städtische Architektur betreut Multerer im Wintersemester das Bachelorprojekt "Bavaria must not look like Bayern". Das Entwurfsprojekt beschäftigt sich in der Agglomeration Garmisch-Partenkirchens mit dem Thema Wohnen.