Manfred Schuller absolvierte sein Architekturstudium an der TU München, parallel dazu studierte er mehrere Semester klassische Archäologie und Kunstgeschichte an der Ludwig-Maximilian-Universität München. 1984 schloss er seine Promotion im Fach Baugeschichte und Bauforschung bei Prof. Dr. Gottfried Gruben ab. Für seine Dissertation erhielt er den Preis der Freunde der TUM.
Ein DFG-Stipendium führte ihn nach Venedig, bevor er 1986 einen Ruf auf die Professur für Bauforschung und Baugeschichte an der Universität Bamberg erhielt. Dort war er außerdem als Senator, Dekan und Prodekan tätig.
Ab 2006 war Schuller Ordinarius an der TUM, wo er sich im Rahmen von Lehr- und Forschungsprojekten mit historischer Architektur von der Antike bis ins 20. Jahrhundert auseinandersetzte. Schwerpunktmäßig beschäftigte er sich mit griechischer Tempelarchitektur, Renaissancearchitektur in Venedig und Rom, sowie den mittelalterlichen Domen zu Bamberg und Regensburg. Es entstanden zahlreiche Veröffentlichungen zu den Forschungsergebnissen, wie die umfangreiche fünfteilige Publikationsreihe „Der Dom zu Regensburg“.
Schuller forschte darüber hinaus über barocke Gartenarchitektur, historische Dachwerke, islamische Architektur in Buchara (Usbekistan) und Eisenbauten des Ingenieurs Suchow in Russland.
„Ich bin Architekt und fühle als Architekt“, betonte Schuller bei seiner Rede zur Abschiedsfeier am Lehrstuhl. Er bedankte bei seinen anfänglichen Wegbereitern und langjährigen Wegbegleitern, beim Kollegium der Fakultät für Architektur und seinen Lehrstuhl-Mitarbeitern und Mitarbeiterinnen.
Während seiner 33-jährigen Professorentätigkeit wurden unter Manfred Schullers Betreuung 33 Promotionen beendet, weitere sieben Dissertationsabschlüsse folgen. Erfolgreich leitetete der Bauforscher als Antragsteller zehn DFG Projekte und war an zwei Graduiertenkollegs beteiligt.
Schuller ist Mitglied im Landesdenkmalrat des Freistaats Bayern, der ICOMOS Monitoring-Gruppe Deutschland und korrespondierendes Mitglied des Deutschen Archäologischen Instituts. Darüber hinaus ist er Mitglied des Kuratoriums des Deutschen Studienzentrums Venedig.
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