Nach Abschluss ihres Studiums war Prof. Merk zunächst im U-Bahn-Referat der Stadt München tätig, danach leitete sie das Stadtplanungsamt in Halle a.d. Saale. Anschließend wechselte sie an die Hochschule für Technik in Stuttgart als ordentliche Professorin. Seit 2007 bekleidet Prof. Merk das Amt der Stadtbaurätin der Landeshauptstadt München.
ln der akademischen Lehre an der TUM engagiert sich Prof. Merk im Fach Planungspraxis seit 2013; bereits seit 13 Jahren ist sie durch Einzelbeiträge an der Fakultät für Architektur präsent.
Prof. Merk zeichnet sich durch umfangreiche Führungserfahrung in der Praxis aus. Als Stadtbaurätin hat sie neuartige Planungsansätze und Formate etabliert und Kooperationen mit Forschungseinrichtungen und anderen Städten in Europa ausgebaut. 2016 wurde sie zur Präsidentin der Deutschen Akademie für Städtebau und Landesplanung gewählt.