Heiner Stengel absolvierte sein Architekturstudium an der BTU Cottbus und der TU München. Nach seinem Diplom 2009 war er bei Push Architects Brisbane, Janson & Wolfrum - Architektur und Stadtplanung, nbundm* Architekten sowie Bohn Architekten tätig. Seit 2011 arbeitet er an eigenen Projekten als Architekt und Stadtplaner und ist seit 2020 als Preisrichter tätig.
Heiner Stengel war von 2010 bis 2018 zunächst wissenschaftlicher Mitarbeiter, später akademischer Rat auf Zeit am Lehrstuhl für Städtebau und Regionalplanung der TUM bei Prof. Sophie Wolfrum.
Neben seiner Lehrtätigkeit in den Bachelor- und Masterstudiengängen der Architekturfakultät engagierte sich Heiner Stengel im Forschungsprojekt „Kunstareal“ (2010-11) und wirkte maßgeblich an Schlüsselpublikationen des Lehrstuhls mit: Er verantwortete gemeinsam mit Francesca Fornasier die Neufassung und Überarbeitung aller Zeichnungen für die Publikation Platzatlas. Stadträume in Europa (Hrsg.: Sophie Wolfrum, Birkhäuser Verlag. Basel, 2014). Der Platzatlas wurde als Ausstellung aufbereitet und in der Architekturgalerie München sowie in Kooperation mit dem Goethe Institut auf der Architekturwoche in Plovdiv Bulgarien gezeigt. Zusammen mit dem Team des Lehrstuhls von Prof. Sophie Wolfrum ist Heiner Stengel Mitherausgeber der Publikation Porous City. From Metaphor to Urban Agenda (Birkhäuser Verlag, Basel, 2018),die eine gleichnamige Konferenz des Lehrstuhls für Städtebau und Regionalplanung vorbereitete. Gemeinsam mit Gastprofessor Peter Scheller organisierte Heiner Stengel im Sommer 2018 die Konferenz GROSS STADT FORM.
Während seiner Tätigkeit an der TUM forcierte Heiner Stengel zahlreiche internationale Kooperationen durch Lehr- und Forschungsaufenthalte und Konferenzteilnahmen an Universitäten in Italien, Spanien, Bulgarien und Mexiko.
2019 war Heiner Stengel Gastprofessor im Architecture and Urban Design Programme der German University in Kairo, Ägypten. Im Anschluss bis Oktober 2020 war er akademischer Mitarbeiter an der BTU Cottbus bei Prof. Heinz Nagler. Aus der Zusammenarbeit entsteht gerade die Publikation Cottbus. Chosebuz, die 2021 im Mitte Rand Verlag Berlin veröffentlicht wird.
Zum Oktober 2020 folgte Heiner Stengel dem Ruf an die die IUBH Internationale Hochschule (Standort Hamburg) als Professor für Architektur.