Fritz Auer absolvierte sein Architekturstudium an der TH Stuttgart und der Cranbrook Academy of Arts in Bloomfield Hills (USA). Es folgten Tätigkeiten bei Yamasaki + Assoc. sowie bei Behnisch und Lambart. 1965 wurde er Partner bei Behnisch & Partner, bis er schließlich 1980 zusammen mit Carlo Weber ein eigenes Büro gründete. Heute beschäftigt Auer Weber rund 140 Mitarbeiter und realisiert erfolgreich nationale und internationale Projekte.
Von 1985 bis1992 war Fritz Auer Professor für Baukonstruktion und Entwerfen an der FH München, sowie von 1993 bis 2001 Professor für Entwerfen an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste in Stuttgart.
Auer erhielt bereits zahlreiche Preise, u.a. 1989 den Deutschen Architekturpreis für das Landratsamt Starnberg und 2014 die Leo-von-Klenze-Medaille.