Von den fünf Stipendien, die die Akademie der Künste vergibt und die Junge Akademie betreut, ist das Berlin-Stipendium das bedeutendste, da es dem Wesen dieser Einrichtung am meisten entspricht. Es wird von allen Sektionen in gleicher Weise getragen: Jurys aus Mitgliedern benennen in jedem Jahr zwei Kandidaten internationaler und interdisziplinärer junger Kunst. Als Artist-in-residence-Programm ist es verbunden mit einem Aufenthalts- und Arbeitsstipendium in Berlin, regulär für jeweils drei Monate in einem der drei Dachateliers der Akademie am Hanseatenweg im Berliner Bezirk Tiergarten, daneben existiert ein Gastatelier im Künstlerhaus Bethanien. Das Berlin-Stipendium, das mit dem PLENUM der neuen Stipendiaten im Rahmen der Mitgliederversammlung jährlich im Mai beginnt und als AGORA ARTES (Abschluss-Präsentation der Stipendiaten) im Mai des Folgejahres endet, bietet jungen künstlerischen Talenten aus aller Welt Anreize zu sektionsübergreifend gleichberechtigtem Austausch, grenzüberschreitender Kooperation und künstlerischer Forschung wie kein anderes.